O secretário de Estado Adjunto do primeiro-ministro foi acusado pelo Ministério Público do crime de prevaricação no âmbito da certidão extraída da Operação Teia, em que o braço direito de António Costa é suspeito de favorecer a sociedade Mit — Make it Happen, Lda., de Manuela Couto, na adjudicação de vários contratos entre abril de 2015 e julho de 2016. A notícia foi inicalmente avançada pelo Observador, tendo sido posteriormente confirmada pela CNN Portugal. Miguel Alves demitiu-se pouco depois.
O agora ex-secretário de Estado Miguel Alves está a ser investigado pelo Ministério Público noutros processos, nomeadamente um alegado pagamento de 300 mil euros em 2021, quando era presidente Câmara de Caminha, e dois contratos de prestação de serviços de comunicação pelos quais a autarquia pagou mais de 70 mil euros - isto apesar de existir um gabinete de imprensa na câmara que se mantém em funções até hoje.
A 26 de outubro, o Jornal Público noticiou que o novo secretário de Estado assinou em 2020, altura em que presidia à Câmara de Caminha, um contrato-promessa de arrendamento que obrigou o município a pagar um adiantamento de 300 mil euros para a construção de um pavilhão multiusos que ainda não se sabe se vai ser construído - nem onde.
O primeiro-ministro tem sido alvo de várias críticas por parte da oposição e até de alguns socialistas por ter mantido a confiança em Miguel Alves, que assumiu funções como seu secretário de Estado Adjunto em setembro passado. A ex-ministra do PS Alexandra Leitão lamentou, em declarações na CNN Portugal, o silêncio e o teor da entrevista concedida por Miguel Alves ao Jornal de Notícias e TSF, na qual disse que estava a ser alvo de discriminação por vir de Caminha. A deputada socialista Isabel Moreira também criticou o caso, considerando que o secretário de Estado só tem agora duas opções: ou se demite ou é demitido. Na quarta-feira, no programa Crossfire da CNN Portugal, o dirigente socialista Álvaro Beleza também reconheceu que o caso de Miguel Alves "é mau para o Governo e para o PS".
Ainda assim, Costa manteve a confiança no seu secretário de Estado. E esta quinta-feira a ministra da Presidência, Mariana Vieira da Silva, reiterou que Miguel Alves devia permanecer em funções. "Para o Governo, a situação esta esclarecida", vincou em conferência de imprensa no final do Conselho de Ministros, na qual mandou ler comunicados anteriores do Governo para defender que Miguel Alves deve permanecer em funções.
A oposição já tinha pedido esclarecimentos, com o PSD a considerar que Miguel Alves "não está suficientemente habilitado" para se manter em funções no Governo, quer por não ter conseguido esclarecer até agora o que o levou a adiantar 300 mil euros a um empresário para a construção de um centro de exposições que ainda não começou a ser edificado, quer por ser arguido noutro processo. Entretanto, PSD e Chega entregaram pedidos de audição urgente do governante no parlamento e o Bloco de Esquerda já fez saber que votou favoravelmente neste pedido de audição.