Foram igualmente apreendidos mais de 22 milhões de cigarros e 8.387 charutos num valor de 3,4 milhões de euros.
Por outro lado, foram apreendidas diversas mercadorias em contrafacção (brinquedos, relógios, acessórios para telemóveis, vestuário/têxtil, material electrónico, etc.), no valor total de cinco milhões de euros.
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Este valor não integra as apreensões de droga nem de mercadorias contrafeitas. Neste campo, a DGAIEC fez 167 apreensões de drogas, das quais salienta a apreensão de 943.801 quilos de cocaína, 1.915 quilos de heroína e de 110.119 quilos de cannabis/haxixe. O total de drogas apreendidas pelas Alfândegas daria para a elaboração de 10.011.585 doses de consumo individual.
No decurso do mesmo período a DGAIEC deteve e entregou à Polícia Judiciária 152 indivíduos, correios de droga ou traficantes, de ambos os sexos e diversas nacionalidades.
Foram igualmente apreendidos espécimes de mercadorias protegidas pela Convenção CITES (espécimes da fauna e da flora selvagens em vias de extinção), no valor de 41.112,35 euros.
Em 2006, a entidade desencadeou 252 processos de inquérito de natureza criminal.
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