As universidades que têm «dúvidas» quanto ao Regime Jurídico das Instituições de Ensino Superior, que lhes permite passarem a fundações, «naturalmente não estão em condições de se autogerirem de uma forma tão avançada». O ministro da Ciência e do Ensino Superior justificou assim o facto de apenas três instituições terem aprovado a passagem a fundação.
Mariano Gago, que falava no Porto, à margem da assinatura de um protocolo de cooperação em nanomedicina entre Portugal e a Galiza, defendeu que «três universidades não é pouco, é até mais do que eu esperava, porque as exigências que o Governo impõe são muito grandes». As restantes, acrescentou, «têm ainda de fazer o seu caminho. Têm o seu tempo».
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Segundo referiu, trata-se de conferir a essas instituições uma autonomia muito maior e isso só é possível em instituições que «tenham uma história de capacidade de gestão muito significativa, de investigação, de produção, de riqueza e de atracção de recursos próprios».
Recorde-se que o Instituto Superior de Ciências Sociais do Trabalho (ISCTE) e as universidades do Porto e Aveiro decidiram negociar com o Governo a sua passagem a fundação de direito privado.
As restantes universidades públicas, de um universo total de 14, rejeitaram para já essa hipótese, argumentando principalmente com «a indefinição da lei» quanto ao que é exactamente uma fundação pública de direito privado.
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